参加这个项目，让邓亚军一下打开了眼界，开始真正接触到世界一流的研究技术和成果，比如自己参与的项目能在《自然》这样的国际顶级杂志上发表论文，这就相当于运动员在奥运会上拿到金牌，这在以前完全是不可想象的。

然而更大的挑战还在后面，在国际人类基因组计划接近完成的同时，杨焕明、汪建等人还把目光投向了中国的超级杂交稻。

当时以日本为首的多国代表制订了国际水稻基因组测序计划，为充分开发利用超级杂交稻这一宝贵的国家资源，同时继续保持我国在杂交水稻育种领域的国际领先地位，华大方面决定联合国家杂交水稻工程技术研究中心，进行中国超级杂交水稻基因组计划

邓亚军担任主管后，负责的就是为超级杂交稻测序的重要任务一一当时在研究中心，资历比她深、学历比她高的人并不少，而将她提拔到这个岗位的汪建认为:邓亚军尽管年轻，但是她勇于承担责任，敢做敢当，有很强的正义感，这些品质在关键时刻比单纯的学历、资历更重要。

由于在国际人类基因组计划中积累了不少经验，中国的水稻基因组计划进行得非常顺利，毕竟水稻的DNA碱基数目只是人类的1/150为了完成这个项目，中国方面一共技人了2亿元人民币，而日本牵头的国际水稻基因组测序计划到结束时一算账，也花了2个亿，不过是美金。