邓亚军很爽快地说有兴趣!汪建补充了一句这可是个新单位，既没钱也没人。邓亚军说我不介意!一一尽管她还可以选择其他更轻松的职位，但是相比之下，司法鉴定与她的专业直接相关，她也有过在法医一线工作的经历，而且那时国家刚刚将包括DNA亲子鉴定在内的司法鉴定业务，向社会第三方鉴定机构放开，相当于是一个全新的领域，对邓亚军这种喜欢冲锋陷阵的性格再合适不过。

2002年11月，华大方瑞司法鉴定中心正式成立;次年1月，邓亚军被任命为该中心主任。随后她开始做前期项目的筹备，并且准备正式接受社会委托，就在这期间，突如其来的非典疫情降临了。

那场疫情给中国公众带来的震荡和冲击是前所未有的，但是对于邓亚军而言却完全是另外一场战争一一她被迫放下手头其他事情，技人到抗击非典的战役中去。当时不为人所知的是，除了小汤山医院外，中科院北京基因组研究所也是抗击非典的重要战场，他们承担了分离SARS病毒，并为其做DNA测序的重要任务。