DNA鉴定在打击犯罪方面具有强大的功效，而且如能建立全民DNA档案对于民事上亲子血缘之确定亦有莫大助益，惟更多的忧虑系来自于将来DNA密码被解开后，DNA序列所代表的个人最底层的隐私将暴露无遗，此时，如果个人的基因信息遭到滥用，将对个人造成极大伤害，因此，法律学家莫不对此提出海言，盼能有所缓和或制止①。如果从个人隐私权的保障出发，当DNA所鉴定的特定序列并不危害到个人的隐私时，也就是说，该DNA片段并不具有特定的生物功能或者不会显露出个人任何的遗传性征，仅是一段完全无意义的DNA序列，但是其却具有高度的变异性，足以满足刑事上人别鉴定或民事上亲子鉴定之需求，此时，用以鉴定的特定DNA序列在本质上是属于中性地位，如同个人的身份证号码般没有特殊的生物学上意义，将其组合之后，仅代表某个人。经由科学家、医学家及刑事鉴定专家等，共同认证提出具有上述特性的DNA片段，经由统计使其组合几率远超过台湾地区目前人口数，则此一组 DNA鉴定系统，即足以因应人别鉴定个化上之需求，如此，或可减低对于 DNA建档所可能带来之疑虑，亦可平衡实务上犯罪侦查之公益要求。再 者，依现行条例DNA采样必须保存样本及纪录至少10年，如从保障隐私权之观点出发，纪录之保存或尤有理由，但是样本之保存则有待商榷。原因在于样本所代表者正是DNA序列之全部，亦即个人全部之隐私，其未来被滥用之可能性将元限扩大。反之，纪录仅是就鉴定当时所采用的DNA鉴定系统分析出来的数据资料，所代表的个人隐私有限，甚且完全处 于中性之地位，因此，依本书看法，纪录应永久保存而样本则应于采样鉴定后即行销毁9以确保个人隐私权。附带一提的，就整个DNA鉴定在制度面上，程序性制衡机制应纳入思考，亦即，采样权限之发动似宜考虑比照羁押制度由法院决定发动与否，以符近来刑事强制处分权朝英美令状
主义之发展趋势。