日本于处理亲子关系事件时，兼采家事调解及审判解决亲子纷争， 仅仅约一成的案件进行亲子鉴定。多数案件均能经由调解程序中调解委员及家事调查官的努力，消到纷争并展开新的亲子生活。

由此观之，DNA鉴定在亲子关系事件的处理上，应有其限制。过去科学鉴定技术尚不发达时，法院采取事实上推定的方式，依据经验法则就间接事实推认亲子关系的存在与否。在长年判例及学说的累积之下，间接事实中除了客观上推论血缘关系的间接事实外，并包括了当事人主观上为父母的意思及社会生活的事实(例如无积极证明生母性关系紊乱的情形)，可以经由法官在具体个案的判断，某种程度兼顾未成年子女的利益。然而，在DNA鉴定技术发达的现在，台湾地区亲子法在科学技术发展的背景下，虽已慢慢倾向采取生物学上的真实主义，却未意识到法律应具有其独自的价值判断。虽然科学上的真理是一个可以信赖的价值，但是亲子关系中亲情的表现与养育的事实，也具有重要的价值而不可偏废。

是故，在运用DNA鉴定(勘验)作为证据方法时，其证据能力上首须考量隐私权及家庭和平的保护，认为违反当事人意愿所取得的血缘鉴定报告不得采为证据(例如夫怀疑其子女为妻与他人所生，以哄骗方式带年幼之子女至医院鉴定亲子关系)。而在检验报告的证据力上，则应限制鉴定人的资格及鉴定标准程序，建立完备的衡量标准。