亲子鉴定是可以只和父亲做的。而且目前亲子鉴定80%以上是只和父亲做的。
父母子三人做亲子鉴定为三联体亲子鉴定，父子或母子亲子鉴定为二联体亲子鉴定。二联体亲子鉴定一般存在单亲风险。如果出现单亲风险时，将不能给出鉴定意见。此时如果需要给出鉴定意见的，有两种方案：一是提供未参与方面的样本做父母子三联体亲子鉴定，二是参与单亲亲子鉴定的两个人同时增加检测到40个位点。
简单的讲：父母子三人亲子鉴定是两种鉴定结果-肯定或是否定；但是父子或是母子二人做亲子鉴定存在三种结果-肯定或是否定，还有少部分是不确定的。不能确定的情况就是不能满足亲子鉴定行业的国家控制的标准所有位点都符合遗传规律且累计父权指数大于9999的，即亲权概率大于99.99%的。即使是出现亲权概率大于9998，即亲权概率大于99.98%都是不能给出鉴定意见的，如果是司法亲子鉴定给不了满足标准的鉴定意见将出具不了司法检验报告，如果是个人亲子鉴定可以出具没有鉴定意见只有被鉴定人DNA数据的DNA检测书，当事人接受99.98%的概率就好，这种概率加测后肯定是能给出结果是肯定的意见的。