DNA亲子鉴定判定的是父子关系。
亲子关系的判定是在排除同卵多胞胎、近亲及外源干扰的前提下，作出最后的明确的结论的。
近亲有可能存在亲子关系的。也是就是兄弟两人做亲子关系分析时，根据孟德尔遗传规律，联合应用亲子关系的分析，是有可能存在亲子关系的结果的。其兄弟两人做亲子关系分析，大多情况下是否定的亲子关系结果，其存在肯定的关系的结果的概率为1/2的20次方（21位点的检测系统时），这个概率可以由孟德尔遗传规律得到，目前这种现象在亲子鉴定中心实际案例中也是碰到的，常被亲子鉴定中心称为亲代同侧基因座遗传，在专业上应该是没有具体的定义，只是作为专业人士大家口头上的小概率现象相互认同解释，没有多大研究的价值。即使现实中没有出现过，根据遗传学遗传规律，大家也能是知道这种遗传小概率的存在。

兄弟关系可以由亲缘关系鉴定确认，目前亲缘关系是可以精确到同父同母、同父异母、同母异父、爷孙关系、叔侄关系等明确的亲缘关系。

一般亲子鉴定只需要使用21位点的系统就可以了，40位点的系统知识作为特殊情况作进一步的验证。亲缘关系像比较精确的同父同母、同父异母、同母异父、爷孙关系、叔侄关系等至少需要检测40位点的，其亲缘关系数据处理也是也不亲子关系的数据处理计算量大一些。因此亲缘鉴定的费用一般也是亲子关系鉴定费用的二倍多。

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