新生儿亲子鉴定样本可以采集血痕或是口腔拭子，不能用采集毛发，一般毛发需要采集最好是五岁以上的连根拔起的至少五根带毛囊的。
血痕采集注意：不能采集手指血，因手指太小，可以采集脚后跟或是脚的大脚指头。采集3-5滴血放在四层以上厚度的纱布上或者是棉签的棉花上。有专业的血卡的话会更好，血卡栽血部分为单层的滤纸，吸附性较好，能承载的用于亲子鉴定血样的效果会更好，更利于检测。同时特殊情况也可以用餐厅纸，尽管餐厅纸的里面的荧光剂会对检测部分影响，但是其吸附性还是比较好，能足够吸附用于亲子鉴定的血。值得注意的是不能棉花团，因其蓬松，会是血细胞分散，不利于得到足够做亲子鉴定实验的血斑。
口腔拭子采集注意：如果孩子吃母乳的，应在吃完母乳半小时后采集。因母乳中含有母亲的DNA信息。同时在采集口腔细胞时因孩子小不能用力上下檫拭，可以让棉签的棉花那头在孩子的口腔多停留一会并轻轻旋转，让棉签的棉花上充分附着足够多的口腔细胞。

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