为发挥Y-STR家系排查法的巨大作用，建立全国性统一数据库是最直接、最有用的方法。但是目前，我国DNA数据库尚未对Y-STR基因座统一建库，各地仅少量地区建立了区域性的Y-STR数据库，这其中有多方面的因素，因此利用Y-STR家系排查法进行比对排查缺乏一定的基础。如果能够开发区域性家系Y-STR数据库应用系统，Y-STR检测技术无疑将为案件侦破提供更多且更有价值的线索。如何开发区域性Y-STR数据库应用系统乃至全国性数据库应用系统需注意以下几个方面的问题。
（1）地域的选择
Y-STR家系排查法多应用于农村地区，特别是以家族式群居的自然村落。而且我国是一个多民族国家，56个民族有着各自的民俗、风情、生活**惯和群居地。特别是一些少数民族，民族特征明显，对外交流少，在民族的演化过程中有着很强的父系群体遗传特征。具有这些特征的居住人群遗传关系相对稳定，适合沟通Y-STR基础数据库。近年来，符合以上环境特征并且通过Y-STR家系排查锁定犯罪嫌疑人的案件屡有报道。
（2）基因座的选择
目前为止，可用的Y-STR遗传标记有四百多种，并且将来有更多的Y-STR遗传标记被发现和应用。建库时需要选择符合扩增能力强，多态性高，并且适合中国人群的基因座。随着Y-STR基因座数目的不断增加，无血缘关系的男性个体拥有过同一单倍型的机会则不断减少。但是，选择什么样的遗传标记，选择多少个遗传标记，还需要对这些基因座的多态性进行相关研究，不断完善各个基因座的群体遗传学参数，从而来筛选能够满足建库所需的基因座。国内已有不少群体相关数据资料的报道。目前有研究称，五核苷酸和六核苷酸重复单位的基因座比三核苷酸和四核苷酸重复单位的基因座突变率更低，在群体遗传学和进化学研究中的意义更大。
（3）数据库中人员样本的选择
如何能够向上溯源，且使划分的家系少而精，同时还能做到全面、完整，这是一个重点，也是一个难点。可以设想以村小组为单位，对村落家系进行统计，同时对迁入和迁出人员进行备案，然后交由办案人员进行梳理，绘制出全面准确的家系图，然后层层递进，最终得到某个地区总的家系分布图。在上述基础上对个每个家系选取几名代表性人员进行采样，然后检测Y-STR分型。
（4）突变问题
Y-STR基因座的突变率与常染色体STR基因座接近，为0.1%-0.2%，因此，在建立Y-STR数据库时要充分考虑到随机突变带来的问题。对于入库个体的背景资料和亲缘关系要尽可能详近，以便于日后查找溯源。

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