常染色体遗传标记，例如13个核心STR基因座，在每一子代进行重新组合，这是因为一个个体的遗传信息一半来自他／她的父亲而另一半来自他／她的母亲。但是，在讨论的Y染色体及线粒体遗传标记则代表的是“家系遗传标记”，除非发生突变，它们毫无变化地世代相传。线粒体DNA为母系遗传而Y染色体遗传标记则是父系遗传。

对于这些家系遗传标记，一个个体只有单一等位基因，因此从每个遗传标记获得的遗传信息往往用单倍型而不是基因型来表述。Y染色体遗传标记连锁在同一条染色体而且在每一子代中并不进行重组，用统计学计算随机匹配概率时并不能简草的相乘。因此使用家系遗传标记来区分两个个体时不能像那些彼此不连锁而且在遗传时随机分离的常染色体遗传标记那样有效。但是正如我们法医DNA分型中讨论的那样，Y染色体及线粒体DNA遗传标记在法庭调查中仍然发挥着重要的作用。

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